A Fővárosi Állatkert növénygyűjteménye a beruházás második ütemében újult meg. A beavatkozás az alábbi három fő területegységet érintette:
Kelet-Ázsiai Dendrológiai Gyűjtemény, beleértve a Japánkert területét, a jelenlegi Emu- és a volt Wallabi- kifutóként használt területeket.
Észak-Amerikai Dendrológiai Gyűjtemény, beleértve a volt Flamingókifutó, az Orangután-, a Mandrill- és Varikifutók, valamint az Aranyhasú mangabe kifutójának területét.
Főkapu tér, beleértve a kerítés mentén a Főbejárat és az Elefántos kapu között húzódó zöldfelületet.
A gyűjteményrekonstrukció égisze alatt több épített elem is készült: többek közt szivárgók, egyedi tervezésű faveremrácsok épültek. Megújult az emugyepi kútház és a pingvinkifutó. A japánkertbe új koppantó, egyedi kőpadok és új kapuk kerültek.
A szakértők segítségével összeállított növényjegyzékek alapján számos magas gyűjteményi értékű, ritka egzóta került a kertbe.